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El judo se despidió de los Juegos Sudamericanos Escolares Medellín 2016 con las competencias por equipos, donde la rama femenina fue liderada por Colombia, que fue escoltada por Perú y Venezuela, mientras que en la rama masculina, Venezuela se quedó con el primer puesto, seguido por Colombia, y Paraguay con Perú compartieron el tercer lugar.
De este modo, Colombia se coronó campeona general en judo, con un total de 18 medallas: 11 de oro, cinco de plata y dos de bronce.
A continuación, la tabla de medallería general:
| Posición | País | Oro | Plata | Bronce | Total |
| 1 | Colombia | 11 | 5 | 2 | 18 |
| 2 | Venezuela | 4 | 3 | 2 | 9 |
| 3 | Perú | 2 | 9 | 7 | 18 |
| 4 | Paraguay | 1 | 1 | 2 | 4 |
| 5 | Surinam | 0 | 0 | 3 | 3 |
